Funkcjonalna genomika przesiewowa
Funkcjonalna genomika umożliwia odkrywanie funkcji genów i ich zaangażowania w szlaki biochemiczne, komórkowe i fizjologiczne. Dostępność kompletnych sekwencji genomu, w połączeniu z łatwo programowalnymi narzędziami do modyfikacji genomu, pozwala na przeprowadzenie tych analiz w skali całego genomu. Podstawowym celem badań genomicznych jest zrozumienie powstawania określonego fenotypu poprzez modyfikację funkcji genów w ukierunkowany, celowy sposób. Gdy poszczególne geny są usuwane lub modulowane w komórce lub organizmie, zmiany w fenotypie lub zachowaniu mogą być bezpośrednio lub pośrednio obserwowane poprzez starannie zaplanowane eksperymenty. Funkcjonalna genomika przesiewowa pozwala na przeprowadzenie tej analizy w sposób systematyczny i zrównoleglony, wyjaśniając skomplikowane szlaki i stany chorobowe oraz ułatwiając identyfikację nowych celów leków.
Istnieją dwa podstawowe sposoby, w jakie genomika funkcjonalna może łączyć genetykę z fenotypem. Przesiewowe badania genetyczne obejmują modyfikację wielu genów, wybór komórek lub organizmów o interesującym nas fenotypie, a następnie identyfikację genów, których modulacja wywołała zmianę fenotypu. Odwrotne badania genetyczne analizują fenotyp komórek lub organizmów po zakłóceniu określonego genu lub kombinacji genów.
Powiązane artykuły techniczne
- Porównano metody transdukcji lentiwirusowej komórek Jurkat. Spinokulację porównano z całonocną inkubacją z polibarenem (bromkiem heksadimetryny) i płytkami pokrytymi fibroneką.
- CRISPR lentiviral screening libraries are powerful research tools. Continuing a decade long commitment to library screening manufacturing, we have partnered with 10x Genomics to bring 10x Feature Barcode-compatible pooled screening products to you.
- Custom & Predesigned esiRNA FAQ
- Genome-wide loss-of-function screening is a powerful approach to discover genes and pathways that underlie biological processes. Now complete knockout is achievable with two optimized gRNAs per gene. Minimized clone number ensures the most specific screening possible while controlling time and cost.
- Systemy wektorów lentiwirusowych mają priorytetowe znaczenie dla bezpieczeństwa, a środki ostrożności zapobiegają replikacji. Dobre praktyki obsługi są niezbędne do użytkowania.
- Zobacz wszystkie (24)
Powiązane protokoły
- Protokół odczynnika do transfekcji siRNA X-tremeGENE™ i rozwiązywanie problemów
- Dowiedz się więcej o CRISPR Cas9, czym jest i jak działa. CRISPR to nowe, przystępne cenowo narzędzie do edycji genomu, umożliwiające dostęp do edycji genomu dla wszystkich.
- Szczegółowa procedura przeprowadzania transdukcji lentiwirusowej cząsteczek MISSION shRNA w celu uzyskania stabilnego, długotrwałego wyciszenia i zmiany fenotypu.
- Lentiviruses represent a powerful tool in research applications to transduce a wide range of cell types.
- Protocol for Transduction of Human Embryonic Stem Cells (hESCs) using Lentiviral Vectors
- Zobacz wszystkie (9)
Znajdź więcej artykułów i protokołów
Postępy w edycji genów, wyciszaniu genów, modulacji genów, sekwencjonowaniu następnej generacji (NGS) i fenotypowych technologiach przesiewowych umożliwiają wydajne wykonywanie funkcjonalnych ekranów genomowych w szerokiej gamie systemów modelowych.
- Interferencja RNA (RNAi): Do wyciszania genów można stosować kilka rodzajów odczynników RNAi, w tym długie dwuniciowe RNA (dsRNA), syntetyczne małe interferujące RNA (siRNA) i krótkie RNA ze spinką do włosów (shRNA). Te odczynniki RNAi są wprowadzane do komórek poprzez bezpośrednią transfekcję czynnika modulującego (siRNA i dsRNA), poprzez transfekcję DNA kodującego shRNA napędzane promotorem lub metodami transdukcji wirusowej przy użyciu konstruktów lentiwirusowych ze sklonowanymi kasetami shRNA. dsRNA i siRNA mogą być stosowane w ekranach tablicowych do badań przesiewowych o wysokiej przepustowości, podczas gdy shRNA mogą być wprowadzane do populacji komórek w ekranach tablicowych lub zbiorczych do analizy o wysokiej przepustowości, z ekranami zbiorczymi wykorzystującymi sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) do dekonwolucji.
- Systemy CRISPR-Cas: Systemy CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeat) mogą być wykorzystywane do manipulowania genomami, transkryptomami i epigenomami komórek ssaków. W edycji genów CRISPR-Cas9 nukleaza Cas9 jest kierowana do określonego miejsca za pomocą RNA prowadzącego. W zależności od zastosowanego wariantu Cas9, CRISPR może być wykorzystywany do genetycznego wyciszania produkcji transkryptów poprzez wprowadzanie mutacji z przesunięciem ramki, represję maszyn transkrypcyjnych, rekrutację czynników transkrypcyjnych w celu aktywacji ekspresji, indukowanie ukierunkowanych mutacji punktowych lub modyfikowanie markerów epigenetycznych. Podobnie jak w przypadku RNAi, CRISPR może być wprowadzany bezpośrednio jako kompleks RNP w badaniach przesiewowych lub jako plazmidowe DNA lub lentiwirus do zastosowań zarówno w badaniach zbiorczych, jak i przesiewowych. Pule, biblioteki i tablice CRISPR ułatwiają wyjątkowo wszechstronne, wysokoprzepustowe badania przesiewowe genów do analizy funkcjonalnej. Badania przesiewowe z modulacją genomu są również możliwe dzięki beznukleazowemu systemowi CRISPR, który wykorzystuje enzymatycznie nieaktywny dCas9 w połączeniu z efektorami transkrypcyjnymi, które aktywują (CRISPRa) lub hamują (CRISPRi) transkrypcję genów, prowadząc do zwiększenia lub zmniejszenia ekspresji genów.
Zaloguj się lub utwórz konto, aby kontynuować.
Nie masz konta użytkownika?