Epigenetyka
Mechanizmy epigenetyczne
Epigenetyka stała się istotnym obszarem zainteresowania naukowców zajmujących się badaniami nad nowotworami, chorobami neurodegeneracyjnymi i uzależnieniami. Mechanizmy epigenetyczne obejmują tymczasową aktywację lub represję ekspresji genów. Co ciekawe, zmiany te mogą być przekazywane z pokolenia na pokolenie, nawet jeśli nie zmieniają one trwale sekwencji DNA. Trzy główne mechanizmy epigenetyki to metylacja DNA, modyfikacja histonów i regulacja RNA.
Metylacja DNA
Metylacja DNA jest najbardziej znanym mechanizmem epigenetyki. Zazwyczaj obejmuje ona enzym metylotransferazę, który pomaga w dodaniu grupy metylowej na piątej pozycji cytozyny (C5). Ten dodatek występuje głównie na dinukleotydach cytozyna-fosforan-guanina (CpG). Występuje jednak również metylacja nie-CpG. Analiza metylacji DNA jest często przeprowadzana w celu zrozumienia ekspresji genów. Przykłady tego typu analiz obejmują kwantyfikację metylacji poprzez trawienie DNA z późniejszą analizą za pomocą HPLC, spektrometrii masowej lub przy użyciu konwersji wodorosiarczanu sodu, a następnie sekwencjonowania i analizy PCR.
Modyfikacja histonów
Modyfikacja histonów to kolejny klasyczny mechanizm epigenetyczny. Obejmuje on różne sposoby zmiany histonów poprzez acetylację, metylację, fosforylację i inne mechanizmy wpływające na ekspresję genów. Histony to białka, które wraz z DNA tworzą nukleosomy. Wiązki nukleosomów tworzą chromatynę, z której zbudowane są chromosomy. Ogólnie rzecz biorąc, modyfikacje histonów mają miejsce na N-końcowych ogonach histonów z wysokim udziałem aminokwasów lizyny lub argininy. Jednym ze sposobów badania tej regulacji epigenetycznej jest zastosowanie testów immunoprecypitacji chromatyny (ChIP).
Regulacja RNA
Mniej wiadomo o regulacji RNA niż o innych mechanizmach epigenetycznych. Uważa się, że sygnalizacja RNA odgrywa rolę w epigenetyce poprzez regulację struktury chromatyny. Naukowcy badają, w jaki sposób mRNA, a w szczególności niekodujące RNA, takie jak długie niekodujące RNA i mikro RNA, regulują ekspresję genów. Dodatkowo, izolacja chromatyny przez oczyszczanie RNA (ChIRP) lub testy immunoprecypitacji RNA (RIP) mogą być wykorzystane do zrozumienia związku między chromatyną i RNA oraz roli RNA w epigenetyce.
Powiązane artykuły techniczne
- Epigenetic regulation starts with DNA wound around a set of completely acetylated histones associated with an activated, fully transcribed gene.
- p53 reguluje ekspresję genów, kontrolę cyklu komórkowego i działa jako supresor nowotworów. Inaktywacja p53 jest ściśle związana z rozwojem raka.
- Zestaw Imprint DNA Modification Kit zapewnia odczynniki potrzebne do konwersji dwusiarczynu i oczyszczania próbek DNA po modyfikacji w czasie krótszym niż 2 godziny.
- Epigenetics is a term coined to describe changes that are not mutation based but can still be passed on from generation to generation. Genes that are activated or repressed without any change in DNA sequence are epigenetically controlled. Epigenetic modifications are stable, but potentially reversible alterations in gene expression that occur without permanent changes in DNA sequence.
- Global DNA Modification Kit (MDQ1) monitoruje metylację DNA za pomocą testu kanapkowego ELISA, pomagając w badaniach epigenetycznych.
- Zobacz wszystkie (16)
Powiązane protokoły
- Immunoprecypitacja chromatyny qPCR do badania regulacji genów w różnych warunkach.
- To prevent nonspecific binding of the analyzed protein or extract to the DNA fragment or oligonucleotide, nonspecific competitor nucleic acid is added to the binding reaction.
- The Imprint® Methylated DNA Quantification Kit provides a high-throughput, non-radioactive means of measuring global DNA methylation shifts.
- Protocol for Chromatin Isolation by RNA Purification (ChIRP) Protocol
- The Sigma Imprint Chromatin Immunoprecipitation Kit uses a plate based system to allow rapid ChIP assays in a high throughput format
- Zobacz wszystkie (6)
Znajdź więcej artykułów i protokołów
Zaloguj się lub utwórz konto, aby kontynuować.
Nie masz konta użytkownika?