Globalna kwantyfikacja metylacji DNA

Savita Bagga

Ogólny stopień metylacji genomu może być użyteczną miarą globalnych zmian regulacyjnych. Pomiar tego parametru jest zwykle wykonywany po całkowitym trawieniu do pojedynczej zasady, a następnie analizowany przy użyciu HPLC lub spektrofotometrii masowej.

Globalny zestaw do modyfikacji DNA

Globalny zestaw do modyfikacji DNA (MDQ1) umożliwia badaczowi monitorowanie metylacji DNA przy użyciu formatu podobnego do testu kanapkowego ELISA. Jest to format bardziej przyjazny dla badaczy biologicznych i jest pierwszym tego rodzaju na rynku.

Funkcje i zalety

• Format oparty na metodzie ELISA
         - Procedura kończy się w czterech łatwych do wykonania krokach
         - Wszystkie odczynniki w zestawie, w tym kontrola metylowanego DNA
        
  
• Szybko mierzy zmiany w metylacji DNA
        - Granica wykrywalności wynosi 5 ng w pełni zmetylowanego DNA
        - Wejściowy poziom DNA może wynosić 10 ng. Wejściowe DNA może być tak niskie jak 10-200 ng
        
  
• Kompletny, elastyczny i szybki
        - Procedura zakończona w 3.5 godzin
         - 96-dołkowy format umożliwia badanie pojedynczych próbek lub badania o wysokiej przepustowości
         
  
• Rozszerzony zakres źródeł próbek DNA
        - Może być stosowany z DNA z komórek, tkanek, osocza i innych płynów ustrojowych

Rysunek 1. Protokół krok po kroku dotyczący korzystania z MDQ1.

Rysunek 2. Porównanie dwóch różnie metylowanych partii DNA z MDQ1. Status metylacji dwóch partii DNA poddanego działaniu Sss I mierzono metodą LC-MS. Różne ilości DNA analizowano również za pomocą zestawu MDQ1. Jak pokazano na wykresie, różnicę w stanach metylacji można łatwo wykryć, a generowany sygnał jest proporcjonalny do ilości DNA użytego w procedurze.

Rysunek 3. Wpływ azacytydyny na globalną metylację komórek CHO. Azacytydynę, znany środek demetylujący, dodano bezpośrednio do pożywki hodowlanej. Komórki zebrano po 48 godzinach. DNA wyizolowano przy użyciu GenElute™ i zmierzono globalną metylację. Analizowano 40 ng DNA z traktowanych i nietraktowanych komórek CHO.