Sekwencjonowanie nowej generacji
Sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) to termin, który szeroko obejmuje kilka powiązanych technologii, które umożliwiają masowo równoległe lub głębokie sekwencjonowanie wybranego regionu lub całego genomu organizmu. Niezbędne w dyscyplinie badań opartych na genomice, technologie sekwencjonowania istnieją od dziesięcioleci. Jednak ciągły rozwój NGS lub masowo równoległych technologii sekwencjonowania DNA i RNA zapewnił badaczom wzrost pokrycia sekwencjonowania całego genomu i narzędzi do analizy danych przy jednoczesnym szybkim spadku kosztów. Zastosowania NGS wykraczają poza analizę całego genomu, ponieważ mają znaczący wpływ na ostatnie postępy w podstawowej genomice i badaniach nad chorobami.
Powiązane artykuły techniczne
- Regardless of next-generation sequencing (NGS) platform, universal and index adapter sequences are required for the proper assembly of sample fragments.
- Kontrole negatywne siRNA MISSION zapewniają podstawową skuteczność nokautu mRNA; testowane na komórkach ludzkich, szczurzych i mysich, zaprojektowane bez homologii genów.
- MISSION Positive Control siRNA, designed using the Rosetta siRNA Design Algorithm, serve as ideal complement to any siRNA silencing experiment. All MISSION Positive Control siRNA have been validated to work, so that you can spend more time silencing your gene of interest and less time on optimizing internal controls.
- Next-generation sequencing (NGS) revolutionized genomic research, and is now playing a crucial role in the clinical environment.
- Zobacz wszystkie (21)
Powiązane protokoły
- Zestaw SeqPlex DNA Amplification Kit umożliwia NGS z małych lub zdegradowanych ilości DNA w celu amplifikacji całego genomu.
- Wyżarzanie to proces ogrzewania i chłodzenia dwóch jednoniciowych oligonukleotydów o komplementarnych sekwencjach.
- The SeqPlex RNA Amplification kit provides a method for amplification of total RNA or isolated mRNA prior to entry into the workflows of the commonly used deep sequencing platforms.
- GenomePlex® is a Whole Genome Amplification (WGA) method that allows the researcher to generate a representative amplification of genomic DNA
- WTA2, a Whole Transcriptome Amplification (WTA) method, allows for representative amplification of nanogram quantities of total RNA in less than 4 hours without 3-bias
- Zobacz wszystkie (7)
Znajdź więcej artykułów i protokołów
Przegląd metod NGS
Podczas gdy metodologia i odczynniki dla NGS stale ewoluują, istnieje obecnie wiele systemów NGS, które są dostępne dla naukowców. Powszechnie stosowane platformy obejmują kilka krytycznych etapów przepływu pracy NGS, w tym przygotowanie próbki lub biblioteki, generowanie klastrów, sekwencjonowanie i analizę danych. Przygotowanie próbki zazwyczaj obejmuje amplifikację DNA lub dodanie łączników sekwencji lub adapterów. Generowanie klastrów każdej sekwencji DNA odbywa się, gdy DNA zawierające kowalencyjnie przyłączony łącznik hybrydyzuje z powierzchnią stałą w celu amplifikacji mostkowej PCR lub za pomocą alternatywnych metod, takich jak emulsyjna PCR. Ponadto istnieje wiele metod sekwencjonowania DNA, w tym sekwencjonowanie przez ligację, sekwencjonowanie przez syntezę, pirosekwencjonowanie i sekwencjonowanie półprzewodników jonowych. Każda metoda sekwencjonowania obejmuje różne etapy reakcji i chemikalia, które ostatecznie określają długość każdej sekwencji (długość odczytu), poziom błędu i koszt odczynników.
Analytical Approaches for NGS Data Analyses
Ostatnim elementem dla wszystkich przepływów pracy NGS jest krytyczny etap analizy danych, który ma miejsce po sekwencjonowaniu. Podczas gdy każda platforma NGS i przepływ pracy wytwarzają ogromną ilość informacji cyfrowych przechwyconych na komputerach, surowy zestaw danych musi zostać przeanalizowany przez bioinformatyków przy użyciu stale rosnącej liczby narzędzi analitycznych do wyrównywania i mapowania odczytów, takich jak Bowtie, Galaxy i wiele innych. Wiele osiągnięć w dziedzinie technologii NGS wynika z połączenia wielu dziedzin nauki w celu opracowania i optymalizacji analizy i interpretacji tak dużych zbiorów danych. W zależności od konkretnych potrzeb, naukowcy są obecnie w stanie korzystać z tych potężnych narzędzi do sekwencjonowania całych genomów, egzomów lub transkryptomów w badaniach podstawowych i badaniach nad chorobami.
Zaloguj się lub utwórz konto, aby kontynuować.
Nie masz konta użytkownika?