913715

KB05-SLF

• Synonim(y): (R)-1-(3-(1-(4-(N-(4-bromofenylo)akrylamido)fenylo)-1-okso-5,8,11-trioksa-2-azatetradekan-14-amido)fenylo)-3-(3,4-dimetoksyfenylo)propylo(S)-1-(3,3-dimetylo-2-oksopentanoilo)piperydyno-2-karboksylan, Elektrofilowy 11779, Heterobifunkcyjny koniugat do odkrywania ligazy ubikwityny E3
• Wzór empiryczny (zapis Hilla): C₅₅H₆₇BrN₄O₁₂
• Numer CAS: 2384184-43-2
• Masa cząsteczkowa: 1056.04
• Numer MDL: MFCD34166201
• Kod UNSPSC: 12352200
• NACRES: NA.22

Właściwości

• ligand: electrophilic fragment
• Poziom jakości: 100
• Formularz: powder
• temp. przechowywania: −20°C
• ciąg SMILES: O=C(C=C)N(C1=CC=C(C(NCCOCCOCCOCCC(NC2=CC=CC([C@H](OC([C@@H]3CCCCN3C(C(C(C)(C)CC)=O)=O)=O)CCC4=CC(OC)=C(OC)C=C4)=C2)=O)=O)C=C1)C5=CC=C(Br)C=C5
• InChI: 1S/C55H67BrN4O12/c1-7-50(62)60(44-23-19-41(56)20-24-44)43-21-17-39(18-22-43)52(64)57-28-31-70-33-35-71-34-32-69-30-27-49(61)58-42-13-11-12-40(37-42)46(25-15-38-16-26-47(67-5)48(36-38)68-6)72-54(66)45-14-9-10-29-59(45)53(65)51(63)55(3,4)8-2/h7,11-13,16-24,
• Klucz InChI: BPYMHGDOEARLOM-CRCOQUFZSA-N

Opis

Zastosowanie

KB05-SLF to elektrofilowy PROTAC opracowany w laboratorium Cravatt i jest przydatny do odkrywania ligandów E3, obszaru zainteresowania dla ukierunkowanej degradacji białek (TPD), starając się zmapować i wykorzystać większy repertuar dostępnych ludzkich ligaz E3. Ten dwufunkcyjny związek narzędziowy zawiera syntetyczny ligand dla FKBP12 (SLF) na jednym końcu i fragment scout 913715 na drugim końcu. Fragmenty scout są elektrofilami, które kowalencyjnie modyfikują docelowe reszty cysteinowe na białkach, podejście, które zostało skalowane w celu globalnej kwantyfikacji reaktywności Cys w ludzkich proteomach i komórkach. Gdy SLF i fragment elektrofilowy są połączone razem, monitorowanie poziomów FKBP12 w komórkach może wskazywać na degradację FKBP12 za pośrednictwem zwiadowcy, w przypadku której dalsze badania potwierdziłyby mechanizm wyczerpywania FKBP12 i wszelkie cele, z którymi fragment zwiadowcy jest kowalencyjnie związany. Białka związane ze scoutem prowadzące do zubożenia FKBP12 (lub innych celów) odkryte za pomocą tej strategii dodatkowo rozszerzą zestaw narzędzi TPD. Ze względu na reaktywny charakter fragmentu scout, inne białka również zostaną zmodyfikowane, dlatego należy rozważyć staranne kontrole i walidację.
To proteomiczne podejście do odkrywania E3 zostało zademonstrowane przez Zhang et al w odkryciu, że DCAF16 pośredniczył w degradacji jądrowej FKBP12 poprzez KB02-SLF.

Opracowano dodatkowe elektrofilowe PROTAC zawierające fragmenty zwiadowcze o szerokiej reaktywności cysteiny:

• KB02-SLF (914738) zawierający chloroacetamidowy fragment scout 912131.
• KB03-SLF (914975) zawierający fragment zwiadowczy chloroacetamidu 912654.

Powiązane narzędzia:

• Dodatkowe dwufunkcyjne narzędzia dla wariantów FKPB12: dTAG-13 (SML2601 dla ^FKBP12F36V) i Biotyna-SLF (914223 dla FKBP12).
• Inhibitory przydatne w walidacji degradacji za pośrednictwem proteasomów: MG123 (SML1135) i MLN4924 (5.05477 dla ligaz ubikwityny Cullin-RING, które regulują neddylację białek Cullin).
• Sonda powinowactwa Cereblon (CRBN): Biotyna-Thalidomid (913979)

Inne uwagi

Elektrofilowe PROTAC, które degradują białka jądrowe poprzez zaangażowanie DCAF16

Technology Spotlight: Proteomiczna ocena ligandowalności

Technology Spotlight: Budowanie 11779 Degradatorów do ukierunkowanej degradacji białek

Informacje prawne

PROTAC is a registered trademark of Arvinas Operations, Inc., and is used under license

Ta strona może zawierać tekst przetłumaczony maszynowo.

Informacja o środkach bezpieczeństwa

• Kod klasy składowania: 11 - Combustible Solids
• Klasa zagrożenia wodnego (WGK): WGK 3
• Temperatura zapłonu (°F): Not applicable
• Temperatura zapłonu (°C): Not applicable