Przepis i wideo dotyczące buforów TAE i TBE

Czym są octan tris EDTA i boran tris EDTA?

Octan tris EDTA (TAE) i boran tris EDTA (TBE) to dwa najczęściej stosowane bufory do elektroforezy kwasów nukleinowych. Jako bufory mają dość stałe pH i są w stanie przewodzić prąd elektryczny ze względu na stężenie jonów wodorowych. Właściwości te są niezbędne do elektroforezy żelowej, podczas której białka są rozdzielane przez ładunek elektryczny.

Przygotowanie buforów roboczych

TBE i TAE są najczęściej mieszane z ich części składowych w laboratoryjne roztwory podstawowe. Oba bufory można nabyć w stężeniu roboczym lub w postaci sproszkowanej lub skoncentrowanej, którą po prostu przygotowuje się przez rozcieńczenie.

Zapoznaj się z przepisami poniżej, aby przygotować TAE i TBE w typowych stężeniach roztworu podstawowego. Nasz kalkulator buforów może również pomóc w znalezieniu prawidłowego rozcieńczenia (lub konwersji) dla różnych buforów z roztworu podstawowego do pożądanej molarności i objętości.

Wideo: Bufory TAE i TBE do elektroforezy żelowej

Zapoznaj się z typowymi recepturami roztworów buforowych TAE i TBE i dowiedz się, który bufor roboczy wybrać do zastosowania w elektroforezie żelowej kwasów nukleinowych. Specjalista ds. technologii badawczych Chris Lemke miesza roztwory podstawowe i udziela pomocnych wskazówek dotyczących wyboru buforu.

Ten film powstał we współpracy z Seeding Labs, organizacją non-profit, która łączy uniwersytety i instytuty badawcze w krajach rozwijających się z wysokiej jakości nadwyżkami sprzętu laboratoryjnego, szkoleniami i wymianą zawodową.

TAE Buffer 50x Stock Recipe

• 242 g tris base w podwójnie destylowanym H₂O
  
• 57.1 ml kwas octowy lodowaty
• 100 ml 0.5 M roztworu EDTA (pH 8.0)

Dostosuj objętość do 1 L.

10x TAE Recipe

Na 1L roztworu 10x,

• 48.5 g tris
• 11.4 mL kwas octowy lodowaty
• 20 mL 0.5M EDTA (pH 8.0)

1x TAE Recipe

Rozcieńczyć 1:10

• 0.4 M octanu tris (pH około 8.3)
  
• 0,01 M EDTA

używając ultraczystej wody.

Przepis na bufor TBE 10x

• 108 g tris base
• 55 g tris base
.li>55 g kwasu borowego
• 900 ml podwójnie destylowanego H₂O
• 40 ml 0.5 M roztworu EDTA (pH 8.0)

Dostosuj objętość do 1 L.

1x Przygotowanie TBE

Rozcieńczyć 10-krotnie stężony bufor TBE ultraczystą wodą.

Końcowy roztwór powinien zawierać:

• 0.13 M tris (pH 7.6)
• 45 mM kwasu borowego
• 2.5 mM EDTA

Wskazówki dotyczące przygotowania buforu

• W przypadku wytrącenia, ogrzać do 37 °C i mieszać do całkowitego rozpuszczenia przed rozcieńczeniem.
  
• Zaleca się przefiltrowanie roztworów roboczych 1x przez filtr 0,2 mm przed użyciem.
• Roztwory robocze 1x mogą być używane do daty ważności na opakowaniu przy przechowywaniu w temperaturze pokojowej. Wyrzucić, jeśli bufor stanie się mętny lub odbarwiony.

Wykres porównawczy TAE vs. TBE

	Bufor TBE	Bufor TAE	Uwagi
Pojemność buforowania	Wysoka	Niska	TAE ulega wyczerpaniu podczas przedłużonej lub powtarzanej elektroforezy.
Migracja DNA	Powolna	Szybka	TAE ma lepszą przewodność.
Rozdzielczość	Wysoka rozdzielczość <2KB fragmentów DNA	Wysoka rozdzielczość >2KB fragmentów DNA	TBE wspiera sieciowanie agarozowe.
Inhibitor enzymów	Tak	Nie	Boran z TBE hamuje wiele enzymów.
Koszt	Wyższy	Niższy

Zastosowania

Bufor roboczy tris-octan-EDTA (TAE) i tris-boran-EDTA (TBE) są powszechnie stosowanymi buforami do elektroforezy DNA w żelu agarozowym, które są szczególnie przydatne w pracach przygotowawczych.¹

W porównaniu do buforów tris-boran-EDTA (TBE) i tris-fosforan-EDTA (TPE), dwuniciowe DNA ma tendencję do szybszego działania w TAE. Jednakże, ponieważ TAE ma najniższą pojemność buforową spośród trzech buforów, pojemność buforowa może ulec wyczerpaniu podczas przedłużonej elektroforezy. Cyrkulacja lub wymiana buforu może zaradzić tej sytuacji.

TAE

Bufor 1x TAE jest używany zarówno w żelu agarozowym jak i jako bufor do pracy.W celu uzyskania maksymalnej rozdzielczości zaleca się stosowanie napięcia 5 V/cm (odległość między elektrodami urządzenia).²

BuforTAE został wykorzystany w elektroforezie RNA w żelu agarozowym.^3,4

Odnotowano badanie ruchliwości wolnego roztworu DNA w TAE przy różnych stężeniach buforu, w obecności i przy braku dodanego NaCl.⁵

Opisano zastosowanie buforu TAE w gradiencie denaturującym metodzie elektroforezy żelowej do analizy mutacji w szerokim zakresie.

TBE

Bufor TBE jest zalecany do rozdzielania fragmentów RNA i DNA mniejszych niż 1500 bp.

TBE jest stosowany zarówno w przypadku żeli niedenaturujących, jak i denaturujących  (7 M mocznik).

Jest również rutynowo stosowany w przypadku zautomatyzowanego sekwencjonowania DNA żelu.

Bufor tris-boran-EDTA został użyty do elektroforezy impulsowej (PFGE). W celu uzyskania maksymalnej rozdzielczości zaleca się stosowanie napięć poniżej 5 V/cm.

Bionic Buffer to wyjątkowa alternatywa dla tradycyjnych buforów do elektroforezy TBE (tris-boran-EDTA) i TAE (tris-octan-EDTA). Bionic Buffer pozwala na:

• Rozdzielczość pasm w ciągu kilku minut
• Przeprowadzanie żeli 2-3x szybciej niż w TBE/TAE
• Szybsze pasma w krótszym czasie
• Używanie z żelami pre-cast

Referencje

1. Ogden RC, Adams DA. 1987. [8] Electrophoresis in agarose and acrylamide gels.61-87. https://doi.org/10.1016/0076-6879(87)52011-0

2. Sambrook, J, Russell, DW. 2001. Molecular Cloning: A Laboratory Manual, . 3rd ed., pp. 5.8, 5.76, A1.16.. CSHL Press (Cold Spring Harbor, NY), .

3. Loening U. 1967. The fractionation of high-molecular-weight ribonucleic acid by polyacrylamide-gel electrophoresis. 102(1):251-257. https://doi.org/10.1042/bj1020251

4. Masters DB. 1992. High sensitivity quantification of RNA from gels and autoradiograms with affordable optical scanning. Biotechniques. 12(6):902-906, 908-911.

5. Stellwagen E, Stellwagen N. 2002. The free solution mobility of DNA in Tris-acetate-EDTA buffers of different concentrations, with and without added NaCl. Electrophoresis. 23 (12):1935-1941.

6. Hayes V. 1999. Improvements in gel composition and electrophoretic conditions for broad-range mutation analysis by denaturing gradient gel electrophoresis. 27(20):29e-29. https://doi.org/10.1093/nar/27.20.e29