Modyfikacja po translacji
Większość białek ulega pewnej formie modyfikacji po translacji. Modyfikacje te powodują zmiany masy, które są wykrywane podczas analizy (Wykres 1). Modyfikacje potranslacyjne, takie jak glikozylacja, fosforylacja i siarczanowanie, aby wymienić tylko kilka, pełnią wiele funkcji. W rezultacie analiza białek i ich modyfikacji potranslacyjnych jest szczególnie ważna dla badania chorób, w których wiadomo, że zaangażowanych jest wiele genów, takich jak choroby serca, rak i cukrzyca.
Fosforylacja
Reversible fosforylacja jest jedną z najważniejszych i najlepiej zbadanych modyfikacji potranslacyjnych. Najczęściej występująca na resztach treoniny, seryny i tyrozyny, fosforylacja odgrywa kluczową rolę w regulacji wielu procesów komórkowych, w tym: cyklu komórkowego, wzrostu, apoptozy i różnicowania. Dlatego identyfikacja i charakterystyka miejsc fosforylacji ma kluczowe znaczenie dla zrozumienia różnych zdarzeń sygnalizacyjnych. Spektrometria masowa (MS) fosfopeptydów uzyskanych z trawienia tryptycznego białek stała się potężnym narzędziem do charakteryzacji (Stensballe, A. i in., 2000). Istnieje jednak ogólna potrzeba znacznego wzbogacenia próbek pod kątem zawartości fosfopeptydów w celu skompensowania niskiej obfitości, słabej jonizacji i efektów tłumienia (Zhou, W. i in., 2000).
Immobilizowana chromatografia powinowactwa do metalu (IMAC) była powszechnie stosowana do oczyszczania związków fosforylowanych. Nasz żel powinowactwa do żelaza PHOS-Select™ jest przygotowywany z nową matrycą chelatową żelaza [Fe(III)] opartą na naszym zastrzeżonym (zgłoszonym do opatentowania) ligandzie chelatowym analogu NTA. Matryca ta zapewnia wysoką zdolność wiązania powinowactwa cząsteczek zawierających grupy fosforanowe, dzięki czemu produkty te są idealne do wzbogacania fosfopeptydów z trawień tryptycznych białek lub małych organicznych fosfokomponentów (np. 5'-monofosforanu adenozyny). Mogą być również wykorzystywane do bezpośredniego transferu fosfokomponentów do analizy za pomocą HPLC lub spektrometrii mas.
Glikozylacja
Jedną z najczęstszych modyfikacji potranslacyjnych białek jest glikozylacja, czyli kowalencyjne przyłączanie oligosacharydów. Węglowodany w postaci oligosacharydów związanych z asparaginą (N-linked) lub seryną/treoniną (O-linked) są głównymi składnikami strukturalnymi wielu białek powierzchniowych i wydzielanych przez komórki. Glikoproteiny odgrywają kluczową rolę w procesach komórkowych, takich jak sortowanie białek, rozpoznawanie immunologiczne, wiązanie receptorów, zapalenie i patogenność.
Różnorodność struktur oligosacharydów często skutkuje niejednorodnością masy i ładunku glikoprotein. Ta złożona natura glikozylacji stwarza problemy dla analizy proteomicznej. Upraszczamy analizę glikoprotein oferując zestawy do deglikozylacji, szereg indywidualnych glikozydaz i kilka inhibitorów glikozylacji. Dostępne są również barwniki glikoproteinowe, znakowane lektyny i żywice lektynowe do wykrywania lub oczyszczania glikoprotein.
Wzbogacanie biotynylowanych peptydów w zastosowaniach proteomicznych (np. ICAT)
Nasze płytki wielodołkowe Streptavidin HC (High Capacity) są przygotowane z wysoce porowatą powłoką streptawidynową o dużej gęstości. Streptawidyna ma podobne właściwości wiązania biotyny jak awidyna. Streptawidyna może wiązać 4 mole biotyny na mol białka z wysoką selektywnością i powinowactwem (Kd~10-15). W przeciwieństwie do awidyny, streptawidyna ma prawie neutralne pI, które łagodzi niespecyficzne wiązanie powszechnie związane z podstawowym białkiem awidyny.
Wykres zmian masy wynikających z typowych modyfikacji potranslacyjnych białek i peptydów. |
|---|
Zaloguj się lub utwórz konto, aby kontynuować.
Nie masz konta użytkownika?