OligoEvaluator™ do obliczania T_m i analizy primerów

OligoEvaluator™ dla starterów DNA lub RNA

OligoEvaluator to narzędzie do analizy starterów oligonukleotydów. Analizuje strukturę drugorzędową, tworzenie dimerów primerów i właściwości fizyczne oligonukleotydów. 

Z przyjemnością oferujemy OligoEvaluator™, nasz internetowy kalkulator sekwencji oligonukleotydów, który zapewnia wartości analizy primerów dla PCR:

• Liczba zasad
• Masa cząsteczkowa
• Współczynnik ekstynkcji
• Typ oligo

• µg/OD przy 260 nm
  
• Długość (pary zasad)
• Temperatura topnienia Tm (°C)

• Zawartość GC %
  
• Zacisk GC
• Długość przebiegu (bp)

• Secondary structure
  
• Primer dimer check
  
• BLAST sequence link

OligoEvaluator™ jest łatwy w użyciu: wybierz DNA lub RNA, wklej sekwencję i kliknij przycisk oblicz, aby narzędzie OligoEvaluator™ zwróciło wartości. Wszystkie zgłoszone właściwości są dostępne do eksportu do wygodnego szablonu Excel.

Oblicz właściwości oligo, zawiesinę i rozcieńczenie

OligoEvaluator™ składa się z trzech modułów. Wybierz analizę, aby sprawdzić pełne właściwości do 10 starterów jednocześnie. Resuspension i Dilution są oddzielnymi modułami kalkulatora w OligoEvaluator™.

Moduły	Funkcje
Analiza	Wprowadź do 10 sekwencji jednocześnie, a narzędzie zwróci wartości dla wszystkich głównych właściwości fizycznych, takich jak masa cząsteczkowa, temperatura topnienia, struktura drugorzędowa i tworzenie dimerów starterów (informacje o strukturze drugorzędowej i tworzeniu dimerów starterów są dostarczane w prostym do interpretacji formacie tekstowym, np.g. struktura drugorzędowa--strong)
Resuspension	Wprowadź ilość, pożądane stężenie i masę cząsteczkową, a narzędzie zwróci objętość wody lub buforu potrzebną do ponownego zawieszenia suchego oligonukleotydu
Rozcieńczanie	Wprowadź stężenie podstawowe (zawiesiny), żądaną objętość końcową i żądane stężenie końcowe, a narzędzie zwróci objętość roztworu podstawowego potrzebną do rozcieńczenia

Zaawansowane funkcje kalkulatora

Funkcja	Opis
Warunki reakcji	Przegląd analizy struktury drugorzędowej i tworzenia dimerów starterów w celu sprawdzenia problematycznego składania
Wyszukiwanie BLAST	Sprawdzenie homologii sekwencji oligonukleotydów

Warunki reakcji

Definicje i wartości używane w kalkulatorze OligoEvaluator™

Parametr	Value
Oligo Concentration	Domyślna wartość = 250.0 nM.
Stężenie jonów jednowartościowych	Jest to stężenie wszystkich jonów jednowartościowych, np. K+, obecnych w mieszaninie reakcyjnej. K+ zachęca do annealingu poprzez zmniejszenie odpychania ładunku między ujemnie naładowanymi starterami i szkieletem matrycy. Wartość domyślna = 100,0 mM.
Stężenie wolnych jonów Mg++	Jest to stężenie Mg2+  (jonów magnezu) w mieszaninie reakcyjnej. Mg2+ jest kofaktorem wymaganym przez termostabilne polimerazy DNA. Wartość domyślna = 5,0 mM.
Równoważnik Na[+] ogółem	Równoważnik sodu jest obliczany w następujący sposób: [Na+] = Stężenie jonów jednowartościowych + 4 × (Wolny Mg2+) 1/2 (wszystko w molarności) Wartość domyślna = 382.84 mM
Temperatura do obliczania energii swobodnej	Służy do obliczania energii swobodnej Gibbsa (ΔG) według wzoru: ΔG = ΔH - T ΔS. Wartość domyślna = 25,0 °C (298K).

Jak obliczyć temperaturę annealingu startera?

OligoEvaluator™ podaje temperaturę topnienia oligos. Wystarczy wprowadzić sekwencję w module analizy kalkulatora, a wartość T_m zostanie podana w siódmej kolumnie. Temperatura wyżarzania powinna być zwykle o kilka stopni niższa od wartości T_m . Więcej szczegółowych informacji na temat temperatury topnienia można znaleźć w naszym artykule Temperatura topnienia oligonukleotydów.