タンパク質・核酸の相互作用

多数の技術や手法が、タンパク質－RNAおよびタンパク質－DNA相互作用の検討に利用されており、さらに下流の解析にも適しています。例えば、クロマチン免疫沈降（ChIP）アッセイは、遺伝子発現やエピジェネティック修飾の研究における、転写因子－DNA相互作用の検討によく使用されます。一方、RNA免疫沈降（RIP）アッセイは、mRNA、ノンコーディングRNA、miRNA、ウイルスRNAへのタンパク質結合の検討によく使用されます。免疫沈降研究の一般的な課題は、目的のタンパク質に対する抗体の特異性やアクセスです。これらの問題の一部を回避するためには、組換えタンパク質技術を用いて、適切な抗体により高い特異性で認識される、ヘマグルチニン（HA）タグなどの固有のタグで修飾されたタンパク質を発現させます。

近接ライゲーションアッセイ技術

興味深いことに、タンパク質－DNA技術を活用する科学者たちは、タンパク質－タンパク質相互作用を評価するための新しいツールと方法を考案しました。高い特異性と感度をもつ近接ライゲーションアッセイ（PLA）技術によって、内在性タンパク質、タンパク質修飾、タンパク質相互作用のin situ検出が容易になっています。免疫沈降法と同様に、PLAアッセイでは、高特異性一次抗体を用いて、対象の2つのタンパク質を認識します。ただし、PLAプローブとして機能する修飾されたオリゴヌクレオチド標識二次抗体を、一次抗体への結合に使用します。両方のタンパク質が存在し、近接する場合のみ、ハイブリダイズするコネクターオリゴヌクレオチドがPLAプローブに結合します。リガーゼの添加により、閉じた環状DNAテンプレートが形成されます。環状DNAテンプレートが新たに形成されると、DNAポリメラーゼの添加によりローリングサークル増幅が可能であり、最終的には大幅に増幅したシグナルが生成され、PLAプローブに連結されます。適切なタンパク質-核酸相互作用技術の選択は、主に研究者の下流アプリケーションのニーズによって決まります。