Przygotowanie biblioteki NGS

Zestawy do ekstrakcji genomowego DNA

Do przygotowania biblioteki DNA,  genomowe DNA (gDNA) o wysokiej masie cząsteczkowej musi zostać wyekstrahowane z komórek, tkanek lub innych rodzajów próbek. Oczyszczone genomowe DNA powinno mieć minimalne ścinanie oraz zanieczyszczenia biologiczne i chemiczne, aby zapewnić optymalną wydajność w kolejnych reakcjach amplifikacji lub sekwencjonowania.

Zestaw do ekstrakcji DNA o wysokiej masie cząsteczkowej Fire Monkey™/Fire Flower™ umożliwia izolację genomowego DNA o wysokiej czystości z minimalnym ścinaniem i zanieczyszczeniami kwasami nukleinowymi o niskiej masie cząsteczkowej.

• Fire Monkey™ to standardowy proces kolumn wirówkowych, który ekstrahuje DNA o wysokiej masie cząsteczkowej i średniej długości nici 100kb z komórek bakteryjnych lub ssaczych w ciągu 1 godziny.
• Fire Flower™ to standardowy proces kolumny wirówkowej, który może wybrać rozmiar wyekstrahowanego DNA z dowolnego źródła próbki w ciągu 15 minut. Fire Flower™ może zwiększyć ogólną średnią długość nici o 30%, jednocześnie usuwając fragmenty DNA do 30kb.

Zestawy do amplifikacji całego genomu

Analiza sekwencji DNA jest często ograniczona przez małe ilości dostępnych próbek lub niską wydajność ekstrakcji. Gdy dostępny jest ograniczony materiał wyjściowy, można zastosować techniki amplifikacji w celu zwiększenia ilości wyjściowego DNA. Amplifikacja całego genomu (WGA) może być stosowana do wstępnej amplifikacji zarówno nienaruszonych, jak i wysoce pofragmentowanych próbek DNA w celu wprowadzenia ich do przepływów pracy NGS.

Zestaw SeqPlex-I WGA umożliwia amplifikację małych ilości DNA lub zdegradowanego lub wysoce pofragmentowanego DNA do bezpośredniego wprowadzenia do komórek przepływowych sekwencjonowania następnej generacji (NGS) Illumina®.

• Ułatwia sekwencjonowanie już od 100 pg DNA
• Ulepszone startery zapewniające pełne pokrycie genomu, minimalne odchylenie sekwencji i rozmiar amplikonu idealny do sekwencjonowania następnej generacji (NGS)
• Oszczędne: Brak dodatkowego etapu przygotowania biblioteki NGS
• Kompatybilny z sekwencjonowaniem następnej generacji Illumina^®

Zestaw SeqPlex Enhanced DNA Amplification Kit do amplifikacji całego genomu został zaprojektowany w celu ułatwienia sekwencjonowania następnej generacji z bardzo małych ilości lub ze zdegradowanego/wysoko pofragmentowanego DNA. Zestaw ten został opracowany w celu integracji z procesami sekwencjonowania Illumina^®, SOLiD™ lub 454.

• Technologia losowego primingu amplifikuje pofragmentowane DNA, takie jak ChIP lub FFPE
• Ułatwia sekwencjonowanie już od 100 pg z ChIP lub FFPE.ChIP DNA
• Ulepszone startery zapewniające pełne pokrycie genomu, minimalne odchylenie sekwencji i usuwanie starterów
• Kompatybilne z bibliotekami Illumina^®, SOLiD™SOLiD™ lub 454 do sekwencjonowania następnej generacji

Whole-Transcriptome-Amplification-Kits

Głównym celem sekwencjonowania następnej generacji jest usunięcie primerów.celem przygotowania biblioteki NGS dla RNA-Seq jest zmaksymalizowanie złożoności biblioteki transkryptomu w celu pełnego reprezentowania początkowej puli sekwencji przy jednoczesnym zmniejszeniu nieobiektywności.RNA-Seq do wysokoprzepustowego profilowania ekspresji genów i analizy transkryptomu jest często kwestionowany przez niskie ilości wyjściowego RNA. Amplifikacja całego transkryptomu (WTA) może być wykorzystywana do generowania wystarczających ilości celów sekwencjonowania z małych ilości RNA ale wymaga wysokiej wierności replikacji transkryptomu bez utraty lub zniekształcenia określonych mRNA w celu zmniejszenia stronniczości biblioteki.

Zestaw SeqPlex-I WTA umożliwia amplifikację niewielkich ilości odwrotnie transkrybowanego RNA lub zdegradowanego RNA w celu bezpośredniego wprowadzenia do komórek przepływowych Illumina® do sekwencjonowania następnej generacji (NGS).

• Aplikuje pofragmentowane lub bardzo małe ilości całkowitego RNA. Pofragmentowane lub nienaruszone RNA ze wszystkich źródeł, w tym FFPE i RIP, można łatwo amplifikować przy użyciu technologii losowego primingu.
• Półzdegenerowany projekt starterów bibliotecznych zapewnia pełniejsze pokrycie transkryptomu i wydajne priming
• Mniej kroków: Nie ma potrzeby fragmentacji cDNA przed sekwencjonowaniem
• Wysoka wydajność: Amplifikuje ds-cDNA w 8 godzin lub mniej
• Efektywność kosztowa: Nie wymaga już dodatkowego etapu przygotowania biblioteki NGS
• Kompatybilny z sekwencjonowaniem następnej generacji Illumina^®

The SeqPlex RNA Amplification Kit do amplifikacji całego transkryptomu (WTA) został zaprojektowany w celu ułatwienia sekwencjonowania następnej generacji (NGS) z małych ilości lub ze zdegradowanego / silnie pofragmentowanego RNA (np.RNA z utrwalonych w formalinie próbek tkanek zatopionych w parafinie (FFPE)). Zestaw SeqPlex pozwala użytkownikowi na wstępną amplifikację próbek RNA w celu wprowadzenia ich do przepływu pracy NGS.

• Technologia losowego primingu amplifikuje małe ilości pofragmentowanego lub nienaruszonego RNA ze wszystkich źródeł, w tym FFPE i RIP.
• Półzdegenerowany projekt starterów bibliotecznych dla pełniejszego pokrycia transkryptomu i wydajnego primingu.
• Nie ma potrzeby fragmentacji DNA przed sekwencjonowaniem.
• Amplifikuje ds-cDNA w 8 godzin lub krócej.
• Kompatybilny ze wszystkimi platformami sekwencjonowania nowej generacji z wyjątkiem Pacific Bioscience.

Small-RNA-Library-Preparation

Technologie NGS zrewolucjonizowały badania małych RNA, w tym miRNA, siRNA i piRNA, które, jak wykazano, odgrywają istotną rolę w potranslacyjnej regulacji ekspresji genów. Sekwencjonowanie małych RNA jest coraz bardziej popularnym podejściem w odkrywaniu i profilowaniu małych RNA. Jednak metody przygotowania biblioteki małych RNA mogą wprowadzać znaczące odchylenia, szczególnie podczas etapów ligacji adapterów.

Zestaw do przygotowywania bibliotek RNA RealSeq^®-AC oferuje nowatorską metodę przygotowywania bibliotek do sekwencjonowania miRNA i małych RNA, która zmniejsza błąd włączenia w NGS.Dzięki zastosowaniu nowego pojedynczego adaptera i cyrkularyzacji, RealSeq^® znacznie zmniejsza błąd przygotowania biblioteki. Technologia ta rozwiązuje problem powszechnie stosowanych preparatów bibliotecznych do sekwencjonowania, które prowadzą do niedostatecznego wykrywania wielu miRNA.

• Znacznie zmniejsza błąd sekwencjonowania w sekwencjonowaniu małych RNA
• Dokładnie określa ilościowo istotne biologicznie małe RNA
RNA
• Pozwala na bardziej efektywne odkrywanie nowych małych RNA

.Czyszczenie biblioteki 

Czyszczenie biblioteki NGS obejmuje usunięcie adaptorów do sekwencjonowania, starterów PCR, dNTP, enzymów i buforów.buforu zanieczyszczeń jednocześnie umożliwiając wybór kwasów nukleinowych, które są w prawidłowym zakresie wielkości do dalszego sekwencjonowania.Metody oczyszczania bibliotek powinny maksymalizować wydajność i odzysk, minimalizować obecność zanieczyszczeń biologicznych i chemicznych oraz usuwać niepożądane fragmenty kwasów nukleinowych lub cząsteczki biblioteki w ramach przygotowań do sekwencjonowania.

 HighPrep™ PCR Clean-up System to odczynnik do oczyszczania po PCR oparty na kulkach paramagnetycznych, przeznaczony do wydajnego oczyszczania fragmentów DNA i selekcji amplikonów pod kątem wielkości. Oczyszczanie polega na usuwaniu soli, primerów, primerów-dimerów, dNTP, ponieważ fragmenty DNA są selektywnie wiązane z cząsteczkami kulek magnetycznych. Kulki magnetyczne są używane do różnych chemikaliów przygotowujących biblioteki dla NGS.

• Wysoki odzysk amplikonów 100 bp
• Dostosowane do wysokowydajnych systemów obsługi cieczy
• Stabilny odzysk amplikonów 100bp, przewidywalna i spójna selekcja wielkości
• Bez wirowania lub filtracji prowadzi do wyższych i czystszych wydajności