Przejdź do zawartości
Merck
Wszystkie zdjęcia(3)

Kluczowe dokumenty

Wyświetl całą dokumentację

MBD6000

Sigma-Aldrich

Zestaw 5R-Plex

Ultra-sensitive 16S NGS assay for degraded and low biomass DNA

Zaloguj sięWyświetlanie cen organizacyjnych i kontraktowych
Wszystkie zdjęcia(3)

About This Item

Kod UNSPSC:
41106302
NACRES:
NA.84

Poziom jakości

200

zastosowanie

Preparing 96 samples for sequencing

metody

DNA amplification: suitable
DNA sequencing: suitable

Warunki transportu

dry ice

temp. przechowywania

-10 to -25°C

Opis ogólny

Gen 16S rybosomalnego RNA (16S rRNA) jest powszechnym markerem bakteryjnym, wykorzystywanym jako cel do profilowania społeczności drobnoustrojów w badaniach metagenomicznych mikrobiomu. Gen ten składa się z dziewięciu zmiennych regionów (V1-V9) przeplatających się między konserwowanymi regionami. Najpopularniejsze testy 16S rRNA NGS są ukierunkowane na jeden lub dwa regiony przy użyciu pojedynczego zestawu starterów (np. V3-V4). Jednak takie podejście zwykle skutkuje słabą wykrywalnością bakterii i wskaźnikiem klasyfikacji, gdy dane wejściowe DNA są niskiej jakości lub gdy stosuje się je do próbek o wyjątkowo niskiej biomasie. Zestaw 5R-PLEX oferuje kompletne rozwiązanie dla trudnych próbek biologicznych, w których standardowe protokoły sekwencjonowania 16S nie działają. Typy próbek obejmują:
  • Tkanka utrwalona formaliną i zatopiona w parafinie (FFPE)
  • Tkanka guza nowotworowego
  • Zdegradowane lub uszkodzone DNA
  • Próbki o niskiej biomasie
  • Kopalne i starożytne DNA
Zestaw 5R-PLEX został opracowany we współpracy z dr Ravidem Straussmanem z Instytutu Weissmanna, w oparciu o technikę, która została opisana w jego publikacji Science poświęconej charakterystyce ludzkiego mikrobiomu nowotworowego (Science2020 May 29;368(6494):973-980. doi: 10.1126/science.aay9189). Zestaw jest ukierunkowany na pięć krótkich zmiennych regionów wzdłuż genu 16S rRNA (V2, V3, V5, V6, V8), które są koamplifikowane w multipleksowanym PCR w jednej probówce. Po sekwencjonowaniu dane wyjściowe są przesyłane na naszą platformę M-CAMPTM (Microbiome Computational Analysis for Multi-omics Profiling) i analizowane przy użyciu unikalnego algorytmu 5R-PLEX[2]. To nowe podejście do analizy łączy obliczeniowo amplifikowane regiony w celu zrekonstruowania jednego spójnego profilu mikrobiologicznego o wysokiej rozdzielczości. Przeczytaj więcej o naszym zestawie tutaj.

Cechy i korzyści

  • Zestaw 5R-PLEX zapewnia wysokoprofilowe sekwencjonowanie zdegradowanych, uszkodzonych lub o niskiej zawartości biomasy próbek.
  • Multipleksowany test NGS jest ukierunkowany na 5 zmiennych regionów genu 16S rRNA w pojedynczej puli starterów.
  • Zawiera kontrolę pozytywną do eksperymentów z wykrywaniem problemów.
  • Zestaw może wykryć zaledwie 1pg wysoce zdegradowanego bakteryjnego DNA o średniej wielkości fragmentu 260bp.
  • Zestaw zawiera odczynniki o niskim obciążeniu biologicznym
  • Obejmuje wyłączny dostęp do platformy M-CAMP™ z innowacyjnym algorytmem zaprojektowanym do rekonstrukcji pojedynczego spójnego profilowania drobnoustrojów i przeprowadzania kompleksowej analizy.

Komponenty

  • 5R-PLEX PCR1 Primer mix- 25 μL
  • 5R-PLEX PCR2 Forward Primer mix- 25 μL
  • 5R-PLEX index plate 96-plate
  • Water, microbial DNA-free 10X- 1.5 mL
  • HF DNA Polymerase- 0.1 mL
  • 5X HF buffer 2 mL
  • dNTP′s- 0.2 mL
  • Elution Buffer (EB), microbial DNA-free- 8 mL
  • 5R-PLEX Positive Control (10 ng/μL)- 30 μL

Przechowywanie i stabilność

Okres trwałości wszystkich odczynników dostarczonych w zestawie wynosi 12 miesięcy, jeśli są prawidłowo przechowywane. Wszystkie składniki należy przechowywać w temperaturze -20 °C.

Inne uwagi

Szczegółowe informacje na temat komponentów zestawu można znaleźć w instrukcji obsługi.

Informacje prawne

M-Camp is a trademark of Merck KGaA, Darmstadt, Germany
Ta strona może zawierać tekst przetłumaczony maszynowo.

Zwroty wskazujące rodzaj zagrożenia

H412

Zwroty wskazujące środki ostrożności

P273 - P501

Klasyfikacja zagrożeń

Aquatic Chronic 3

Kod klasy składowania

10 - Combustible liquids

Wybierz jedną z najnowszych wersji:

Certyfikaty analizy (CoA)

Lot/Batch Number

It looks like we've run into a problem, but you can still download Certificates of Analysis from our Dokumenty section.

Proszę o kontakt, jeśli potrzebna jest pomoc Obsługa Klienta

Masz już ten produkt?

Dokumenty związane z niedawno zakupionymi produktami zostały zamieszczone w Bibliotece dokumentów.

Odwiedź Bibliotekę dokumentów

Nicole M Davis et al.
Microbiome, 6(1), 226-226 (2018-12-19)
The accuracy of microbial community surveys based on marker-gene and metagenomic sequencing (MGS) suffers from the presence of contaminants-DNA sequences not truly present in the sample. Contaminants come from various sources, including reagents. Appropriate laboratory practices can reduce contamination, but
Jacob T Nearing et al.
Microbiome, 9(1), 113-113 (2021-05-20)
Advances in DNA sequencing technology have vastly improved the ability of researchers to explore the microbial inhabitants of the human body. Unfortunately, while these studies have uncovered the importance of these microbial communities to our health, they often do not
Deborah Nejman et al.
Science (New York, N.Y.), 368(6494), 973-980 (2020-05-30)
Bacteria were first detected in human tumors more than 100 years ago, but the characterization of the tumor microbiome has remained challenging because of its low biomass. We undertook a comprehensive analysis of the tumor microbiome, studying 1526 tumors and

Nasz zespół naukowców ma doświadczenie we wszystkich obszarach badań, w tym w naukach przyrodniczych, materiałoznawstwie, syntezie chemicznej, chromatografii, analityce i wielu innych dziedzinach.

Skontaktuj się z zespołem ds. pomocy technicznej