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17-614

Sigma-Aldrich

Set di anticorpi monoclonali di coniglio anti-trimetil-istone H3 (Lys4) ChIPAb+ convalidati per ChIP e primer

from rabbit

Sinonimo/i:

Chip Rabbit Antibody and primer set, H3K4me3 ChIP, H3K4me3, Histone H3 (tri methyl K4), Histone H3K4me3, Histone H3K4me3 ChIP

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About This Item

Codice UNSPSC:
12352203
eCl@ss:
32160702
NACRES:
NA.32

Origine biologica

rabbit

Livello qualitativo

Clone

monoclonal

Reattività contro le specie

mouse, human

Reattività contro le specie (prevista in base all’omologia)

mammals

Produttore/marchio commerciale

ChIPAb+
Upstate®

tecniche

ChIP: suitable (ChIP-seq)
western blot: suitable

Isotipo

IgG

N° accesso NCBI

N° accesso UniProt

Condizioni di spedizione

dry ice

Informazioni sul gene

human ... H3F3B(3021)

Descrizione generale

La metilazione degli istoni può verificarsi su due diversi residui: arginina o lisina. Essa può essere associata all'attivazione o alla repressione della trascrizione, a seconda del residuo metilato. La lisina 4 dell'istone H3 può essere mono-, di- o trimetilata da parte di diverse istone metiltransferasi (HMT) come SET1 o ASH1. La metilazione della lisina 4 è frequentemente associata all′attivazione della trascrizione. La demetilasi LSD1 è in grado di demetilare la Lys4 dell′istone H3.
Tutti gli anticorpi ChIPAb+ vengono singolarmente convalidati per confermare la precipitazione della cromatina, ogni lotto, sempre. Il set di anticorpi ChIPAb+ include primer di controllo (ogni lotto testato mediante qPCR) per convalidare biologicamente i tuoi risultati di IP in un contesto locus-specifico. Per permettere ai ricercatori di convalidare i protocolli di ChIP quando usano i nostri anticorpi nel loro specifico contesto cromatinico, si forniscono anche il protocollo della qPCR e le sequenze dei primer. Ogni set include anche un anticorpo di controllo negativo per verificare la specificità della reazione di ChIP.
Il set trimetil-istone H3 (Lys4) ChIPAb+ comprende l'anticorpo anti-trimetil-istone H3 (Lys4), un anticorpo di controllo negativo (siero di coniglio normale) e i primer per qPCR che amplificano una regione di 166 coppie di basi del promotore del gene GAPDH umano. Gli anticorpi anti-trimetil-istone H3 (Lys4) e di controllo negativo sono forniti in un formato di reazione "per ChIP" scalabile e possono essere utilizzati per convalidare funzionalmente la precipitazione della cromatina associata al trimetil-istone H3 (Lys4).

Specificità

Trimetil-istone H3 (Lys4)

Immunogeno

Epitopo: trimetil Lys4
L′anticorpo anti-trimetil-istone H3 (Lys4) è prodotto sulla base di un peptide sintetico, coniugato con BSA, contenente la sequenza …RT[me3K]QT…, in cui me3K corrisponde alla trimetil-lisina 4 dell′istone H3 umano

Applicazioni

Immunoprecipitazione della cromatina:
la cromatina sonicata ottenuta da cellule U2OS 3 x 106 equivalenti di cellule per IP) non trattate o trattate con luce UV (6 h, 50 joule/m2) è stata immunoprecipitata utilizzando 3 μL di anticorpo anti-trimetil istone H3 (Lys4) di coniglio e il kit Magna ChiP A (N° Cat. 17-610). L′immunoprecipitazione dei frammenti di DNA associati al trimetil istone H3 (Lys4) è stata verificata mediante qPCR utilizzando i primer per ChIP specifici per p21 che fiancheggiano il promotore di p21 umano contenente un sito di legame con il fattore Sp1 (vedere le figure).
Il fold increase è il rapporto tra le quantità IP medie normalizzate estratte dalle curve standard derivate dagli input di ciascun campione di cromatina. La capacità di immunoprecipitazione del trimetil istone H3 (Lys4) associata a questo promotore aumenta con il trattamento UV, come osservato in altri studi.
Per i dettagli sperimentali, consultare i protocolli del kit A EZ-Magna ChIP (N° Cat. 17-408) o EZChIP (N° Cat. 17-371).

Saggio di ChIP-seq:
l′immunoprecipitazione della cromatina è stata eseguita utilizzando il kit Magna ChIP HiSens (N° Cat. 17-10460), 3 µL di anticorpo anti-trimetil istone H3 (Lys4) (N° Cat. 17-614) o 20 µL di sferette con Proteina A/G e cromatina trattata con formaldeide (crosslinked) ottenuta da 1x10^6 cellule HeLa, seguita da purificazione del DNA su sferette magnetiche. Le librerie sono state preparate da campioni di DNA input e ChIP usando protocolli standard con adattatori Illumina contrassegnati da codici a barre e analizzati nello strumento Illumina HiSeq. È stato mappato un eccesso di otto milioni di reads dai file FastQ usando il sistema di allineamento Bowtie (http://bowtie-bio.sourceforge.net/manual.shtml) dopo rimozione dei tag con TagDust (http://genome.gsc.riken.jp/osc/english/dataresource/). I picchi sono stati identificati usando MACS (http://luelab.dfci.harvard.edu/MACS/) e i picchi e i reads sono stati visualizzati sotto forma di track personalizzata sul Genome Browser dell′UCSC (http://genome.ucsc.edu) da file nei formati BigWig e BED. I picchi più alti identificati nel set di dati 17-614 e 07-473, corrispondenti al 25% dei campioni, hanno mostrato una sovrapposizione del 99% con i picchi identificati nel track H3K4me3 BROAD Histone di ENCODE per la linea cellulare HeLa S3.

Saggio di Western blotting e di inibizione con peptide:
blot rappresentativo. L′estratto acido di cellule HeLa è stato risolto mediante elettroforesi, trasferito su nitrocellulosa e identificato con anticorpo anti-trimetil istone H3 (Lys4) (diluizione 1:2.000, corsia 1), oppure preincubato con peptide dell′istone H3 0,4 μM con le seguenti modifiche: corsia 2, monometil-lisina 4; corsia 3, dimetil-lisina 4; corsia 4, trimetil-lisina 4.
Le proteine sono state visualizzate utilizzando un anticorpo secondario di capra anti-coniglio coniugato con HRP e rivelate in chemiluminescenza
(vedere le figure).
Categoria di ricerca
Epigenetica & funzione nucleare
Il set comprendente l'anticorpo anti-trimetil-istone H3 (Lys4) convalidato per ChIP e i primer di controllo specifici per PCR è utilizzato per l'immunoprecipitazione cromatinica di H3K4Me3.
Sottocategoria di ricerca
Biologia della cromatina

Confezionamento

25 saggi per kit, circa 3 μL per immunoprecipitazione della cromatina

Componenti

Anticorpo anti-trimetil istone H3 (Lys4) (IgG di coniglio purificate), 1 microprovetta

IgG di coniglio controllo negativo per ChiP, 1 microprovetta

Primer per ChiP specifici per GAPDH, 1 microprovetta

Qualità

Immunoprecipitazione della cromatina:
la cromatina sonicata ottenuta da cellule HeLa non trattate (1 x 106 equivalenti di cellule) è stata immunoprecipitata utilizzando 3 μL di IgG di coniglio normale o 3 μL di IgG monoclonali anti-trimetil istone H3 (Lys4) e il kit Magna ChIP A (N° Cat. 17-610). L'avvenuta immunoprecipitazione dei
frammenti di DNA associati al trimetil-istone H3 (Lys4) è stata verificata mediante qPCR utilizzando primer di controllo per ChiP che fiancheggiano il promotore del gene GAPDH umano (vedere le figure). Per i dettagli sperimentali, consultare il protocollo del kit EZ-Magna ChIP A.

Descrizione del bersaglio

17 kDa

Stato fisico

Formato: purificata
IgG monoclonali di coniglio ricombinanti anti-trimetil-istone H3 (Lys4) Una microprovetta contenente 75 μL di IgG di coniglio purificate con proteina A in tampone di conservazione (Tris-glicina 0,1 M, pH 7,4, NaCl 0,15 M, NaN3 allo 0,05%, con aggiunta di glicerolo al 40%).

IgG di coniglio normale. Una microprovetta contenente 75 μL di IgG di coniglio normale.

Primer di controllo. Una microprovetta contenente 75 μL di ciascun primer specifico per il gene GAPDH umano a una concentrazione 5 μM.
FOR: TAC TAG CGG TTT TAC GGG CG
REV: TCG AAC AGG AGG AGC AGA GAG CGA

Stoccaggio e stabilità

Stabile per 1 anno dalla data di ricezione a -20 °C.

Risultati analitici

Controllo
Comprende un anticorpo di controllo negativo costituito da IgG di coniglio purificate e primer di controllo specifici per il promotore di GAPDH umana.

Note legali

UPSTATE is a registered trademark of Merck KGaA, Darmstadt, Germany

Esclusione di responsabilità

Salvo diversa indicazione nel nostro catalogo o in altra documentazione fornita dall′azienda insieme al prodotto, i nostri prodotti sono destinati esclusivamente a scopi di ricerca e non devono essere utilizzati per altre finalità, inclusi a titolo esemplificativo ma non esaustivo, fini commerciali non autorizzati, applicazioni diagnostiche in vitro, usi terapeutici ex vivo o in vivo o qualsiasi altro tipo di assunzione o applicazione rivolta agli esseri umani o agli animali.

Codice della classe di stoccaggio

10 - Combustible liquids


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Xuhong Yu et al.
Plant physiology, 153(3), 1074-1084 (2010-05-14)
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