Interazioni tra proteine e acidi nucleici

Attualmente disponiamo di diverse tecniche e metodiche progettate per l’analisi delle interazioni proteina-RNA e proteina-DNA e per ulteriori analisi a valle. Ad esempio, i saggi di immunoprecipitazione della cromatina (ChIP) vengono utilizzati per studiare le interazioni tra fattori di trascrizione e DNA, per studi di espressione genica e modificazione epigenetica. I saggi di precipitazione dell'RNA (RIP) sono invece usati per studiare le proteine che si legano a mRNA, RNA non codificanti, miRNA e RNA virali. Un punto critico comune agli studi di immunoprecipitazione è quello della specificità e/o della disponibilità dell'anticorpo per la proteina di interesse. Per ovviare a questo problema i ricercatori si affidano alla tecnologia delle proteine​ricombinanti che consentono di esprimere delle proteine modificate con tag specifici, come il tag emoagglutinina (HA), riconosciuti con elevata specificità dall'anticorpo appropriato.

Saggio di ligazione di prossimità

Gli scienziati che usano le tecniche per lo studio delle interazioni proteina-DNA hanno messo a punto nuovi strumenti e metodi per valutare anche le interazioni proteina-proteina. Ilsaggio di ligazione di prossimità (PLA) dotato di elevata specificità e sensibilità, consente di rilevare le proteine endogene, le modifiche alle proteine e le eventuali interazioni proteiche in situ. In modo analogo alle tecniche di immunoprecipitazione, il saggio PLA utilizza anticorpi primari altamente specifici per riconoscere le due proteine di interesse. Tuttavia in questo saggio gli anticorpi primari vengono legati da anticorpi secondari marcati con degli oligonucleotidi modificati che funzionano come sonda PLA Solo se entrambe le proteine sono presenti e vicine gli oligo connettori si legheranno alle sonde PLA A questo punto si aggiunge una ligasi che genera un templato di DNA circolare completo. Il DNA circolare appena formato funge da templato per l’amplificazione “a cerchio rotante” grazie all’aggiunta della DNA polimerasi.e alla fine si genera un segnale notevolmente amplificato è legato alla sonda PLA. La scelta della tecnica più adatta per l’analisi dell'interazione tra proteine e acidi nucleici dipende in buona parte dalle applicazioni a valle che interessano il ricercatore.