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Exometabolom analysis of breast cancer cell lines: Metabolic signature.

Scientific reports (2015-08-22)
Lucas Willmann, Thalia Erbes, Sebastian Halbach, Tilman Brummer, Markus Jäger, Marc Hirschfeld, Tanja Fehm, Hans Neubauer, Elmar Stickeler, Bernd Kammerer
RESUMEN

Cancer cells show characteristic effects on cellular turnover and DNA/RNA modifications leading to elevated levels of excreted modified nucleosides. We investigated the molecular signature of different subtypes of breast cancer cell lines and the breast epithelial cell line MCF-10A. Prepurification of cell culture supernatants was performed by cis-diol specific affinity chromatography using boronate-derivatized polyacrylamide gel. Samples were analyzed by application of reversed phase chromatography coupled to a triple quadrupole mass spectrometer. Collectively, we determined 23 compounds from RNA metabolism, two from purine metabolism, five from polyamine/methionine cycle, one from histidine metabolism and two from nicotinate and nicotinamide metabolism. We observed major differences of metabolite excretion pattern between the breast cancer cell lines and MCF-10A, just as well as between the different breast cancer cell lines themselves. Differences in metabolite excretion resulting from cancerous metabolism can be integrated into altered processes on the cellular level. Modified nucleosides have great potential as biomarkers in due consideration of the heterogeneity of breast cancer that is reflected by the different molecular subtypes of breast cancer. Our data suggests that the metabolic signature of breast cancer cell lines might be a more subtype-specific tool to predict breast cancer, rather than a universal approach.

MATERIALES
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Sigma-Aldrich
HEPES, ≥99.5% (titration)
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Sigma-Aldrich
HEPES, BioPerformance Certified, ≥99.5% (titration), suitable for cell culture
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Sigma-Aldrich
Azul de tripano solution, 0.4%, liquid, sterile-filtered, suitable for cell culture
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Sigma-Aldrich
Cloruro de sodio, for molecular biology, DNase, RNase, and protease, none detected, ≥99% (titration)
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Sigma-Aldrich
Sodium chloride solution, 0.9% in water, BioXtra, suitable for cell culture
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Sigma-Aldrich
Hydrocortisone, BioReagent, suitable for cell culture
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Sigma-Aldrich
Cloruro de sodio, BioReagent, suitable for cell culture, suitable for insect cell culture, suitable for plant cell culture, ≥99%
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Sigma-Aldrich
Sodium chloride solution, 5 M in H2O, BioReagent, for molecular biology, suitable for cell culture
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Sigma-Aldrich
Hydrocortisone, γ-irradiated, powder, BioXtra, suitable for cell culture
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Sigma-Aldrich
HEPES, BioUltra, for molecular biology, ≥99.5% (T)
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SAFC
Sodium chloride solution, 5 M
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Sigma-Aldrich
Adenosine, ≥99%
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Sigma-Aldrich
Hydrocortisone, ≥98% (HPLC)
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Sigma-Aldrich
HEPES buffer solution, 1 M in H2O
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Sigma-Aldrich
Ethylenediaminetetraacetic acid solution, 0.02% in DPBS (0.5 mM), sterile-filtered, BioReagent, suitable for cell culture
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Sigma-Aldrich
Uridine, ≥99%
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Sigma-Aldrich
Ethylenediaminetetraacetic acid, anhydrous, crystalline, BioReagent, suitable for cell culture
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SAFC
HEPES
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Sigma-Aldrich
Uridine, powder, BioReagent, suitable for cell culture
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Sigma-Aldrich
Ethylenediaminetetraacetic acid, 99.995% trace metals basis
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Sigma-Aldrich
Inosine, ≥99% (HPLC)
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Sigma-Aldrich
S-(5′-Adenosyl)-L-homocysteine, crystalline
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Sigma-Aldrich
Sodium chloride solution, BioUltra, for molecular biology, ~5 M in H2O
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Sigma-Aldrich
Trypan Blue, powder, BioReagent, suitable for cell culture
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Sigma-Aldrich
Cloruro de sodio, 99.999% trace metals basis
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Sigma-Aldrich
Cloruro de sodio, BioUltra, for molecular biology, ≥99.5% (AT)
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Sigma-Aldrich
AICAR, ≥98% (HPLC), powder
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Sigma-Aldrich
Guanosine, ≥98%
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Sigma-Aldrich
HEPES, BioXtra, suitable for mouse embryo cell culture, ≥99.5% (titration)
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Sigma-Aldrich
Adenosine, suitable for cell culture, BioReagent
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