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Humane COT DNA

from human placenta DNA, enriched for repetitive sequences

• Synonym(e): Humane COT DNA, Human-DNA
• UNSPSC-Code: 41106310

Eigenschaften

• Biologische Quelle: human placenta (DNA)
• Qualitätsniveau: 100
• Qualität: Molecular Biology
• Form: solution
• Verpackung: pkg of 500 μg
• Hersteller/Markenname: Roche
• Konzentration: 1 mg/mL
• Verunreinigungen: HCV/HBV, none detected; HIV 1/2, none detected
• Farbe: colorless
• Löslichkeit: water: miscible
• Lagertemp.: −20°C

Beschreibung

Allgemeine Beschreibung

Die COT-Fraktion der humanen genomischen DNA enthält zum größten Teil schnell anlagernde repetitive Elemente. Diese verstreuten repetitiven Sequenzen (interspersed repetitive sequences, IRS) wie SINEs (small interspersed repetitive elements, z. B. ALU-Elemente) und LINEs (large interspersed repetitive elements, z. B. L1-Elemente) sind ubiquitär im gesamten Genom verteilt. Humane COT DNA wird durch Scheren, Denaturieren und Reannealing unter Bedingungen, die zur Anreicherung dieser repetitiven Elemente führen, aus humaner Plazenta-DNA hergestellt.

In einer Sonde (z. B. Kosmid-, YAC-, Chromosomenfärbungssonden) vorliegende repetitive Elemente (IRS) generieren unspezifische Hybridisierungssignale, die sich über das gesamte Chromosom oder Genom verteilen. Um eine spezifische Hybridisierung der Sonde an der chromosomalen Zielstelle (z. B. Einzelkopie-Sequenzen oder Repeats mit niedriger Kopienanzahl) zu ermöglichen, muss die Sonde in Gegenwart von überschüssiger unmarkierter humaner COT DNA denaturiert werden. Diese DNA fungiert als Kompetitor-DNA. Im nachfolgenden Schritt vor der Anlagerung hybridisieren die repetitiven Sondenelemente schnell an überschüssigen Repeats in der humanen COT DNA, während die meisten der spezifischen Sondensequenzen weiterhin als Einzelstränge vorliegen und daher an die chromosomalen Zielstellen hybridisiert werden können. Diese Technik ist als chromosomale In-situ-Suppressions- (CISS-)Hybridisierung bekannt.

Anwendung

Humane COT DNA wird für die chromosomale In-situ-Suppressions- (CISS-)Hybridisierung verwendet. Kosmid- und YAC-Sonden enthalten repetitive Elemente, die monospezifische Hybridisierungssignale erzeugen, die über dem gesamten Chromosom verteilt werden. Um die spezifische Hybridisierung an der chromosomalen Zielstelle zu ermöglichen, muss die Sonde mit überschüssiger unmarkierter humaner COT DNA als Kompetitor-DNA denaturiert werden. Humane COT DNA kann zur Unterdrückung der unspezifischen Hybridisierung an repetitiven humanen Sequenzen in Microarray-Analysen sowie bei Filter- und Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierungsexperimenten verwendet werden.

Sequenz

Bei der Agarosegelelektrophorese wurde eine maximale Längenverteilung der humanen COT DNA-Fragmente im Bereich von 50 bis 300 Nukleotiden erzielt.

Physikalische Form

Lösung, 1 mg/ml, 10 mM Tris-HCL, 1 mM EDTA, pH 7,4

Sonstige Hinweise

Nur für die Life-Science-Forschung. Nicht für den Einsatz in diagnostischen Verfahren geeignet.

Sicherheitshinweise

• Lagerklassenschlüssel: 12 - Non Combustible Liquids
• WGK: nwg
• Flammpunkt (°F): No data available
• Flammpunkt (°C): No data available