Nukleinsäure-Gelelektrophorese
Die Nukleinsäure-Gelelektrophorese ist eine molekularbiologische Methode zur Auftrennung, Identifizierung und Aufreinigung von DNA- und RNA-Fragmenten nach ihrer Größe und Ladung. Bei dieser Methode werden DNA- und RNA-Moleküle aufgetrennt, indem ein elektrisches Feld angelegt wird, damit negativ geladene Nukleinsäuren durch eine Agarose- oder Polyacrylamid-Gelmatrix wandern.
Die Gelmatrix fungiert als Sieb und lässt kürzere Moleküle schneller durch die Poren des Gels wandern als längere Moleküle.
- Agarosegele werden häufiger für die DNA- und RNA-Elektrophorese eingesetzt und können DNA-Fragmente von 50 Basenpaaren (50 bp) bis zu 50.000 bp unter Anwendung von Standard-Elektrophoresemethoden auftrennen.
- Polyacrylamidgele bieten einen geringeren Trennbereich und können DNA-Fragmente von weniger als ~500 bp bei sehr hoher Auflösung auftrennen.
- Sowohl Agarose- als auch Polyacrylamidgele können ebenfalls in elektrophoretischen Mobilitätsshift-Assays (EMSA) zur Charakterisierung von Protein-Nukleinsäure-Wechselwirkungen eingesetzt werden.
Nach der Elektrophorese können DNA- und RNA-Moleküle durch Anwendung von Farbstoffen oder unter UV-Licht sichtbar gemacht, aus dem Gel extrahiert und aufgereinigt oder zum Blotting übertragen werden. Diese Methoden sind gebräuchliche präparative Verfahren bei Klonierungs-, PCR-, Massenspektrometrie-, Next Generation Sequencing (NGS)- und Northern/Southern-Blotting-Anwendungen.
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