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MilliporeSigma

RNA Helicase DDX1 Converts RNA G-Quadruplex Structures into R-Loops to Promote IgH Class Switch Recombination.

Molecular cell (2018-05-08)
Claudia Ribeiro de Almeida, Somdutta Dhir, Ashish Dhir, Amin E Moghaddam, Quentin Sattentau, Anton Meinhart, Nicholas J Proudfoot
RESUMEN

Class switch recombination (CSR) at the immunoglobulin heavy-chain (IgH) locus is associated with the formation of R-loop structures over switch (S) regions. While these often occur co-transcriptionally between nascent RNA and template DNA, we now show that they also form as part of a post-transcriptional mechanism targeting AID to IgH S-regions. This depends on the RNA helicase DDX1 that is also required for CSR in vivo. DDX1 binds to G-quadruplex (G4) structures present in intronic switch transcripts and converts them into S-region R-loops. This in turn targets the cytidine deaminase enzyme AID to S-regions so promoting CSR. Notably R-loop levels over S-regions are diminished by chemical stabilization of G4 RNA or by the expression of a DDX1 ATPase-deficient mutant that acts as a dominant-negative protein to reduce CSR efficiency. In effect, we provide evidence for how S-region transcripts interconvert between G4 and R-loop structures to promote CSR in the IgH locus.

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Sigma-Aldrich
Adyuvante de Freund, completo, cell suspension
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Albúmina from chicken egg white, lyophilized powder, ≥98% (agarose gel electrophoresis)
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Adyuvante de Freund incompleto, liquid
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Lipopolysaccharides from Escherichia coli O55:B5, purified by phenol extraction
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ANTI-FLAG® M2-Peroxidasa (HRP) monoclonal antibody produced in mouse, clone M2, purified immunoglobulin, buffered aqueous glycerol solution
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Anti-α-tubulina monoclonal antibody produced in mouse, ascites fluid, clone B-5-1-2
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Anti--actina antibody produced in rabbit, affinity isolated antibody, buffered aqueous solution
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TAT-recombinasa Cre, TAT-CRE Recombinase is a recombinant cell-permeant fusion cre-recombinase protein consisting of TAT sequence, a nuclear localization sequence (NLS) and it is known to catalyze the site specific recombination event between two loxP DNA sites.
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MISSION® pLKO.1-puro Non-Mammalian shRNA Control Plasmid DNA, Targets no known mammalian genes
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5,6-Dichlorobenzimidazole 1-β-D-ribofuranoside
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Pyridostatin hydrochloride, ≥98% (HPLC)
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Anticuerpo anti-CTCF, serum, Upstate®
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Anti-Mouse IgM (μ-chain specific)–Peroxidase antibody produced in goat, affinity isolated antibody, buffered aqueous solution
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MISSION® esiRNA, targeting human DDX1
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MISSION® esiRNA, targeting mouse Ddx1
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