蛋白质与核酸的相互作用

当前有许多技术和方法可用于研究蛋白质-RNA和蛋白质-DNA的相互作用，并且适用于其他下游分析。例如，染色质免疫沉淀（ChIP）检测通常用于研究转录因子与DNA的相互作用，以进行基因表达和表观遗传修饰研究。而RNA沉淀（RIP）检测通常用于研究与mRNA、非编码RNA、miRNA和病毒RNA结合的蛋白质。免疫沉淀研究的一个共同挑战是抗体对目标蛋白质的特异性和/或可结合性。为了避免这些问题，研究人员会使用重组蛋白技术来表达具有独特标签的修饰蛋白，例如血凝素（HA）标签，其可被合适的抗体高度特异性地识别。

邻位连接检测技术

有趣的是，通过蛋白质-DNA技术，科学家们设计出了一些新颖的工具和方法来对蛋白质之间的相互作用进行评估。邻近连接检测（PLA）技术具有高度的特异性和敏感性，其可用于原位检测内源蛋白质、蛋白质修饰和蛋白质相互作用。与免疫沉淀技术类似，PLA检测使用高度特异性的一抗来识别两种目的蛋白。但是，其需要使用经修饰寡核苷酸标记的二抗（用作PLA探针）对一抗进行结合。仅当两种蛋白质都存在且邻近时，杂交连接子寡核苷酸才会将PLA探针进行连接。添加连接酶后可形成封闭的环状DNA模板。随着新形成的环状DNA模板的形成，则可以使用DNA聚合酶进行滚环扩增，并最终对连接于PLA探针上的信号产生放大的扩增信号。合适的蛋白质和核酸相互作用技术的选择将在很大程度上取决于研究人员的下游应用需求。