Séquençage de nouvelle génération
Le séquençage de nouvelle génération (NGS pour "Next-Generation Sequencing") est un terme générique qui recouvre plusieurs technologies apparentées qui permettent le séquençage massif en parallèle ou séquençage en profondeur d'une région donnée ou de l'ensemble du génome d'un organisme. Essentielles pour la recherche en génomique, les technologies de séquençage existent depuis plusieurs décennies. Cependant, les progrès réguliers des technologies de NGS ou de séquençage massif en parallèle de l'ADN et de l'ARN ont permis aux chercheurs d'accroître la couverture du séquençage pangénomique et de disposer d'outils d'analyse des données, tout en réduisant rapidement les coûts associés. Les applications du NGS vont bien au-delà de l'analyse du génome entier : leur retentissement sur les dernières avancées de la science est considérable, tant dans la recherche fondamentale en génomique que dans la recherche sur les maladies.
Articles techniques apparentés
- Regardless of next-generation sequencing (NGS) platform, universal and index adapter sequences are required for the proper assembly of sample fragments.
- MISSION siRNA Universal Negative Controls are an essential component to any siRNA experiment. Using a Negative siRNA control allows the researcher to create a baseline for mRNA knockdown efficiency. MISSION siRNA Universal Negative Controls have been tested in human, rat, and mouse cells. All have been carefully designed to have no homology to known gene sequences.
- MISSION Positive Control siRNA, designed using the Rosetta siRNA Design Algorithm, serve as ideal complement to any siRNA silencing experiment. All MISSION Positive Control siRNA have been validated to work, so that you can spend more time silencing your gene of interest and less time on optimizing internal controls.
- Onxy Quencher emits heat instead of light and offers and improved signal-to-noise ratio over fluorescent quenchers.
- Next-generation sequencing (NGS) revolutionized genomic research, and is now playing a crucial role in the clinical environment.
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Protocoles apparentés
- The SeqPlex DNA Amplification Kit for whole genome amplification (WGA) is designed to facilitate next-generation sequencing (NGS) from extremely small quantities or from degraded/highly fragmented DNA
- Annealing is the process of heating and cooling two single-stranded oligonucleotides with complementary sequences.
- The SeqPlex RNA Amplification kit provides a method for amplification of total RNA or isolated mRNA prior to entry into the workflows of the commonly used deep sequencing platforms.
- GenomePlex® is a Whole Genome Amplification (WGA) method that allows the researcher to generate a representative amplification of genomic DNA
- WTA2, a Whole Transcriptome Amplification (WTA) method, allows for representative amplification of nanogram quantities of total RNA in less than 4 hours without 3-bias
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Panorama des méthodes de séquençage de nouvelle génération
Si les méthodes et les réactifs utilisés pour le NGS ne cessent d'évoluer, les chercheurs ont aujourd'hui plusieurs systèmes à leur disposition. Les plateformes classiques intègrent plusieurs étapes clés dans la procédure de NGS : préparation de l'échantillon ou de la banque, formation des clusters, séquençage et analyse des données. La préparation des échantillons inclut généralement l'amplification de l'ADN ou l'ajout d'adaptateurs ou de séquences de liaisons ("linkers"). La formation de clusters pour chaque séquence d'ADN consiste à hybrider, sur une surface solide, l'ADN contenant la séquence de liaison attachée de façon covalente en vue d'une amplification en pont ("bridge PCR"), ou par d'autres méthodes telles que la PCR en émulsion. Il existe par ailleurs de nombreuses méthodes de séquençage de l'ADN, notamment le séquençage par ligature, le séquençage par synthèse, le pyroséquençage et le séquençage par semiconducteur Ion Torrent. Chaque méthode comporte des étapes de réaction et des procédés chimiques différents qui permettent de déterminer la longueur de chaque séquence (longueur de lecture), le taux d'erreurs et le coût des réactifs.
Approches d'analyse des données de séquençage de nouvelle génération
La dernière étape de toutes les applications de NGS consiste à effectuer l'analyse critique des données après le séquençage. Chaque plateforme de NGS et chaque procédure produisent une énorme quantité d'informations numériques qui sont stockées sur des ordinateurs et ces ensembles de données brutes doivent être analysés par des bioinformaticiens. Les analyses se font à l'aide d'un nombre croissant d'outils analytiques, comme Bowtie, Galaxy et bien d'autres, pour l'alignement et la cartographie des séquences lues ("reads"). Les progrès accomplis dans le domaine du séquençage de nouvelle génération sont issus, pour l'essentiel, des efforts conjugués de plusieurs disciplines scientifiques afin de développer et d'optimiser l'analyse et l'interprétation d'ensembles de données si volumineux. Selon les besoins propres à chaque application, les chercheurs peuvent désormais utiliser ces puissants outils pour le séquençage de génomes, d'exomes ou de transcriptomes entiers pour la recherche fondamentale et la recherche sur les maladies.
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