17-614

ChIPAb+-Trimethyl-Histon H3 (Lys4) - durch ChIP validiertes Antikörper- und Primer-Set, Kaninchen, monoklonal

from rabbit

• Synonym(e): H3K4me3, Histone H3 (tri methyl K4), Histone H3K4me3
• UNSPSC-Code: 12352203
• eCl@ss: 32160702
• NACRES: NA.32

Eigenschaften

• Biologische Quelle: rabbit
• Qualitätsniveau: 100
• Klon: monoclonal
• Speziesreaktivität: mouse, human
• Speziesreaktivität (Voraussage durch Homologie): mammals
• Hersteller/Markenname: ChIPAb+; Upstate^®
• Methode(n): ChIP: suitable (ChIP-seq); western blot: suitable
• Isotyp: IgG
• NCBI-Hinterlegungsnummer: NM_003493
• UniProt-Hinterlegungsnummer: Q66I33
• Versandbedingung: dry ice
• Angaben zum Gen: human ... H3F3B(3021)

Beschreibung

Allgemeine Beschreibung

Alle ChIPAb+-Antikörper werden einzeln (jede Charge, jedes Mal) für die Chromatin-Immunpräzipitation validiert. Jedes ChIPAb+-Antikörper-Set enthält Kontrollprimer (jede Charge wurde durch qPCR geprüft), um Ihre IP-Ergebnisse im stellenspezifischen Kontext biologisch zu validieren. Das qPCR-Protokoll und die Primer-Sequenzen werden bereitgestellt, was es Forschenden ermöglicht, ChIP-Protokolle zu validieren, wenn sie unseren Antikörper in ihrem Chromatin-Kontext nutzen. Jedes Set enthält außerdem einen Negativkontrolle-Antikörper, um die Spezifizität der ChIP-Reaktion zu gewährleisten.
Das ChIPAb+-Trimethyl-Histon-H3(Lys4)-Set enthält den Anti-Trimethyl-Histon-H3(Lys4)-Antikörper, einen Negativkontrolle-Antikörper (normales Kaninchenserum) und qPCR-Primer, die eine 166-Basenpaare-Region innerhalb des Promotors des humanem GAPDH-Gens amplifizieren. Das Trimethyl-Histon H3 (Lys4) und die Negativkontrolle-Antikörper werden in skalierbarer „je ChIP“-Reaktionsgröße geliefert und können verwendet werden, um die Ausfällung von Trimethyl-Histon-H3(Lys4)-assoziiertem Chromatin funktionell zu validieren.

Die Methylierung von Histonen kann an zwei verschiedenen Resten erfolgen: Arginin oder Lysin. Die Histon-Methylierung kann, abhängig vom methylierten Rest, mit einer Transkriptionsaktivierung oder -unterdrückung in Zusammenhang stehen. Lysin 4 von Histon H3 kann durch verschiedene Histon-Methyltransferasen (HMT) wie SET1 oder ASH1 mono-, di- oder trimethyliert werden. Die Methylierung von Lys4 ist oft mit der Transkriptionsaktivierung assoziiert. Die Demethylase LSD1 kann Histon H3 (Lys4) demethylieren.

Spezifität

Trimethyl-Histon H3 (Lys4)

Immunogen

Der Trimethyl-Histon-H3(Lys4)-Antikörper wurde gegen ein an BSA konjugiertes, synthetisches Peptid, das die Sequenz …RT[me3K]QT… enthält, wobei me3K dem Trimethyl-Lysin 4 von humanem Histon H3 entspricht, entwickelt.

Epitop: Trimethyl-Lys4

Anwendung

Chromatin-Immunpräzipitation:
Beschalltes Chromatin, das aus unbehandelten oder mit UV-Strahlen behandelten (6 h, 50 J/m²) U2OS-Zellen (3 x 10⁶ Zelläquivalente je IP) hergestellt wurde, wurde einer Chromatin-Immunpräzipitation mit 3 μl Anti-Trimethyl-Histon H3 (Lys4) des Kaninchens und dem Magna ChIP A Kit (Katalognr. 17-610) unterzogen. Die Immunpräzipitation von mit Trimethyl-Histon H3 (Lys4) assoziierten DNA-Fragmenten wurde durch qPCR mit ChIP-Primern für p21, die den humanen p21-Promotor, der eine Sp1-Bindungsstelle enthält, flankieren, verifiziert (siehe Abbildungen).
Die x-fache Steigerung ist ein Verhältnis der normalisierten mittleren IP-Mengen, die aus Standardkurven von Eingaben jeder Chromatinprobe extrahiert wurden. Die mit diesem Promotor assoziierte immunpräzipitierbare Trimethyl-Histon-H3(Lys4)-Aktivität steigt mit der UV-Behandlung, wie in anderen Studien festgestellt wurde.
Bitte beziehen Sie sich für experimentelle Details auf das Protokoll für EZ-Magna A ChIP (Katalognr. 17-408) oder EZ-ChIP (Katalognr. 17-371).

ChIP-seq-Analyse:
Die Chromatin-Immunpräzipitation wurde mit dem Magna ChIP HiSens-Kit (17-10460), 3 µl Anti-Trimethyl-Histon-H3(Lys4)-Antikörper (Katalognr. 17-614) oder 20 µl Protein-A/G-Beads und 1e6 vernetztem HeLa-Zellen-Chromatin, gefolgt von einer DNA-Aufreinigung mit magnetischen Beads durchgeführt. Aus Input- und ChIP-DNA-Proben wurden unter Verwendung von Standardprotokollen mit barcodierten Illumina-Adaptern Bibliotheken erstellt und auf dem Illumina HiSeq-Instrument analysiert. Ein Übermaß von 18 Millionen Reads von FastQ-Dateien wurden nach der Entfernung des TagDust-Tags (http://genome.gsc.riken.jp/osc/english/dataresource/) mit Bowtie (http://bowtie-bio.sourceforge.net/manual.shtml) kartiert. Peaks wurden mit MACS (http://luelab.dfci.harvard.edu/MACS/) identifiziert, wobei Peaks und Reads im UCSC Genome Browser (http://genome.ucsc.edu) von BigWig und BED-Dateien als benutzerdefinierter Track dargestellt werden. Die höchsten 25 % der identifizierten Peaks in den Datensätzen 17-614 und 07-473 zeigten eine Überlappung von 99 % mit Peaks, die im Track ENCODE H3K4me3 BROAD Histone für HeLa-S3 identifiziert wurden.

Western-Blot-Analyse und Peptidhemmung:
Repräsentativer Blot. HeLa-Säureextrakt wurde durch Elektrophorese aufgelöst, auf Nitrocellulose übertragen und mit Anti-Trimethyl-Histon H3 (Lys4) (1:2000, Bahn 1) untersucht oder mit 0,4 μmol/l Histon H3-Peptid mit folgenden Modifikationen vorinkubiert: Bahn 2: Monomethyl-Lysin 4, Bahn 3: Dimethyl-Lysin 4, Bahn 4: Trimethyl-Lysin 4.
Die Proteine wurden mit einem an HRP konjugierten Anti-Kaninchen-Sekundärantikörper der Ziege und einem Chemilumineszenz-Nachweissystem
visualisiert (siehe Abbildungen).

Durch ChIP validiertes Trimethyl-Histon-H3(Lys4)-Antikörper- und Primer-Set, einschließlich Antikörper in ChIP-Qualität und spezifische Kontroll-PCR-Primer für die Chromatin-Immunpräzipitation von H3K4Me3.

Forschungs-Unterkategorie
Chromatin-Biologie

Forschungskategorie
Epigenetik & Zellkernfunktion

Verpackung

25 Assays je Kit, ~3 μl je Chromatin-Immunpräzipitation

Komponenten

Anti-Trimethyl-Histon-H3(Lys4) (aufgereinigtes Kaninchen-IgG), 1 Fläschchen

Kaninchen-IgG als ChIP-Negativkontrolle, 1 Fläschchen

ChIP-Primer GAPDH, 1 Fläschchen

Qualität

Chromatin-Immunpräzipitation:
Beschalltes Chromatin aus unbehandelten HeLa-Zellen (1 x 10⁶ Zelläquivalente) wurde einer Chromatin-Immunpräzipitation mit entweder 3 μl normalem Kaninchen-IgG oder 3μl monoklonalem Anti-Trimethyl-Histon-H3(Lys4)-IgG und dem Magna ChIP A Kit (Artikelnr. 17-610) unterzogen. Die erfolgreiche Immunpräzipitation von
mit Trimethyl-Histon H3 (Lys4) assoziierten DNA-Fragmenten wurde durch qPCR mit ChIP-Kontrollprimern, die den humanen GAPDH-Promotor flankieren, verifiziert (siehe Abbildungen). Bitte beziehen Sie sich für experimentelle Details auf das Protokoll für EZ-Magna A ChIP.

Zielbeschreibung

17 kDa

Physikalische Form

Anti-Trimethyl-Histon H3 (Lys4) rekombinantes, monoklonales Kaninchen-IgG. Ein Fläschchen mit 75 μl mit Protein A aufgereinigtem Kaninchen-IgG in Lagerpuffer (0,1 mol/l Tris-Glycin, pH-Wert 7,4, 0,15 mol/l NaCl, 0,05 % NaN3 mit Zugabe von 40 % Glycerin).

Normales Kaninchen-IgG. Ein Fläschchen mit 75 μl normalem Kaninchen-IgG.

Kontrollprimer. Ein Fläschchen mit 75 μl von 5 μmol/l jedes Primers, spezifisch für humanen GAPDH.
FÜR: TAC TAG CGG TTT TAC GGG CG
REV: TCG AAC AGG AGG AGC AGA GAG CGA

Format: Aufgereinigt

Lagerung und Haltbarkeit

Bei -20 °C ab Empfangsdatum 1 Jahr haltbar.

Hinweis zur Analyse

Kontrolle
Einschließlich aufgereinigtes Kaninchen-IgG als Negativkontrolle-Antikörper und für den humanen GAPDH-Promotor spezifische Kontrollprimer.

Rechtliche Hinweise

UPSTATE is a registered trademark of Merck KGaA, Darmstadt, Germany

Haftungsausschluss

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