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  • Loss of internal backbone carbonyls: additional evidence for sequence-scrambling in collision-induced dissociation of y-type ions.

Loss of internal backbone carbonyls: additional evidence for sequence-scrambling in collision-induced dissociation of y-type ions.

Journal of the American Society for Mass Spectrometry (2014-07-30)
Brett Harper, Mahsan Miladi, Touradj Solouki
ZUSAMMENFASSUNG

It is shown that y-type ions, after losing C-terminal H2O or NH3, can lose an internal backbone carbonyl (CO) from different peptide positions and yield structurally different product fragment ions upon collision-induced dissociation (CID). Such CO losses from internal peptide backbones of y-fragment ions are not unique to a single peptide and were observed in four of five model peptides studied herein. Experimental details on examples of CO losses from y-type fragment ions for an isotopically labeled AAAAHAA-NH2 heptapeptide and des-acetylated-α-melanocyte-stimulating hormone (dα-MSH) (SYSMEHFRWGKPV-NH2) are reported. Results from isotope labeling, tandem mass spectrometry (MS(n)), and ion mobility-mass spectrometry (IM-MS) confirm that CO losses from different amino acids of m/z-isolated y-type ions yield structurally different ions. It is shown that losses of internal backbone carbonyls (as CID products of m/z-isolated y-type ions) are among intermediate steps towards formation of rearranged or permutated product fragment ions. Possible mechanisms for generation of the observed sequence-scrambled a-"like" ions, as intermediates in sequence-scrambling pathways of y-type ions, are proposed and discussed.

MATERIALIEN
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Produktbeschreibung

Sigma-Aldrich
Methanol, suitable for HPLC, ≥99.9%
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Methanol, ACS reagent, ≥99.8%
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Essigsäure, glacial, ACS reagent, ≥99.7%
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Essigsäure, glacial, ReagentPlus®, ≥99%
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Methanol, HPLC Plus, ≥99.9%
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Essigsäure, glacial, ≥99.99% trace metals basis
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Methanol, suitable for HPLC, gradient grade, suitable as ACS-grade LC reagent, ≥99.9%
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Essigsäure -Lösung, suitable for HPLC
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Methanol, Laboratory Reagent, ≥99.6%
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Methanol, ACS spectrophotometric grade, ≥99.9%
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Methanol, ACS reagent, ≥99.8%
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Methanol, BioReagent, ≥99.93%
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Methanol, Absolute - Acetone free
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Essigsäure, for luminescence, BioUltra, ≥99.5% (GC)
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Methylalkohol, United States Pharmacopeia (USP) Reference Standard
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Eisessig, United States Pharmacopeia (USP) Reference Standard
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Sigma-Aldrich
Essigsäure, ≥99.5%, FCC, FG
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5α-Androstan-17β-ol-3-on, ≥97.5%
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Essigsäure, natural, ≥99.5%, FG
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Methanol, ACS reagent, ≥99.8%
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Methanol, anhydrous, 99.8%
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DL-Alanin, ≥99% (HPLC)
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5α-Androstan-17β-ol-3-on, purum, ≥99.0% (TLC)
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Essigsäure, analytical standard
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Methanol, Pharmaceutical Secondary Standard; Certified Reference Material
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DL-Alanin, ≥99%, FCC, FG
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Supelco
Methanol, analytical standard
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Methanol, NMR reference standard
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Sigma-Aldrich
Methanol -Lösung, NMR reference standard, 4% in methanol-d4 (99.8 atom % D), NMR tube size 3 mm × 8 in.
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Gly-Gly-Gly-Gly-Gly-Gly
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